从成产地到消费者之间的运输成本一般是很大的，发达国家典型的物流配送系统中运输成本平均占销售收入的4%。因此，尽量减少运输开支并提供与费用相对应的服务水平是很重要的。
一般物流配送监控系统对运输的监控有以下两个层次：
第一，整车或大批量的原材料供应给大客户，这些货物可以是包装或托盘化的，也可以是干散货或液体散货。运输方式可以是铁路、公路、水运或航空。
第二，从物流配送系统中心向客户的小批量配送，可以采用所有的运输方式。物流监控系统应记录所有发运的货物、客户服务水平、发生的成本等。
监控是在两个相关但分开的系统（货物流与资金流）中进行的。
现代的服务敏感性物流配送系统必须提供货物的实时信息，包括提供货物的位置与状态。这些信息提供给服务、销售人员和客户以确保有效率的运作。现代货物跟踪系统较为昂贵，但由于服务的改进，提供的竞争优势是显著的。
运费账单审计以合同运价方式支付公共承运人的运费。运价考虑到了起始点的位置、货物类别、货物体积和重量、运输距离、包装形式和地域。运费账单必须审计后支付，运输账单处理系统通常接受审计、支付账单和提供控制系统的详细数据。
系统可以用手工操作，也可以计算机化，现在发达的系统由条码和其他扫描系统及高级处理软件组成。发达国家典型的物流配送部门把这些服务分包给一个或多个第三方公司，由其负责运作。
许多公司有三个独立的第三方公司运作：
(1)一个或多个网络运输公司，在配送中心提货和发送产品给收货人，承运人制作运费账单，并送到支付运费的服务公司。
(2)由一个运输服务公司通过比较托送人的发货通知和商定的运价审计运费账单，然后由服务公司代表托送人支付正确的账单，或把审计过的账单交给另一个应支付的公司。
(3)货物运动和交付的跟踪系统。以电子数据交换(edi)为特点的网络，它可以由供应链中包括货主、收货人、承运人、配送中心运作者或外部网络提供者的任何一方来运作。
